A bolsa Milton Santos surgiu de um desejo do Professor, no sentido de incentivar estudantes carentes de Geografia a participar de projetos de pesquisa acadêmicos.
Pouco depois de seu falecimento, em 2001, sua viúva, a professora Marie Hélène Santos colocou em pratica seu desejo através da professora da UFBA, Maria Auxiliadora da Silva. A primeira bolsa foi implantada no ano de 2002, contemplando o estudante de graduação Itamar Rangel Vieira Jr. Desde então, alunos do curso de graduação em Geografia já foram beneficiados. Atualmente, muitos estudantes são portadores da bolsa Milton Santos e os detalhes você pode conferir em miltonsantos.com.br/site/pesquisa/
As bolsas seguem os mesmos parâmetros – inclusive de avaliação – de instituições como o CNPq, proporcionando aos estudantes a oportunidade de se engajarem e se aprimorarem na pesquisa acadêmica. A partir de 2016 quando as bolsas foram institucionalizadas 5 bolsas Milton Santos para geografia para outros cursos de graduação, 02 de mestrado e 1 de doutorado sendo renovadas há cada 5 anos. A bolsa também prevê auxílio aos estudantes por ela beneficiados para inscrição em eventos acadêmicos e ajuda de custo em viagens fora de Salvador.